ওয়াসার সর্বোচ্চ পর্যায়ের এই কর্মকর্তার বিরুদ্ধে দুর্নীতির অভিযোগও উঠেছিল। ২০২০ সালের ১১ সেপ্টেম্বর তাঁর নামে দুদক চট্টগ্রাম বিভাগীয় পরিচালক বরাবর দুর্নীতি, অনিয়ম ও স্বজনপ্রীতির অভিযোগ করেছিলেন চট্টগ্রামের বাসিন্দা হাসান আলী। পরে ২৩ সেপ্টেম্বর অভিযোগের বিষয়ে কী পদক্ষেপ নেওয়া হয়, তা জানতে চেয়েছিলেন হাইকোর্ট। আদালতের ওই পদক্ষেপের পর ওয়াসা ভবনের একটি কক্ষে রহস্যজনকভাবে অগ্নিকাণ্ডের ঘটনা ঘটে। আগুনে কম্পিউটার, গুরুত্বপূর্ণ নথি পুড়ে যায়। এরপর অভিযোগ ওঠে, এমডির দুর্নীতি ঢাকতে ইচ্ছাকৃতভাবে ওই আগুন লাগানো হয়েছিল।
অবশ্য দুর্নীতির অভিযোগের বিষয়ে এ কে এম ফজলুল্লাহ সম্প্রতি প্রথম আলোকে বলেছিলেন, তিনি অবৈধভাবে একটা টাকাও আয় করেননি। তাঁর বিরুদ্ধে দুদক তদন্ত করেও কোনো অনিয়ম পায়নি। এ ছাড়া তাঁর আমলে পানির উৎপাদন ৫০ কোটি লিটারে পৌঁছেছে। এমনকি চট্টগ্রামের প্রথম পয়োনিষ্কাশন প্রকল্পের কাজও তাঁর সময়ে শুরু হয়েছে।